問題一、水稻以有機栽培，生產成本偏高。

水稻有機栽培簡單來講，就是復古的耕作栽培方式，因此必須花費比一般的化學栽培更多的人力、物力及財力。以有機質肥料代替化學肥料，端視使用之有機資材不同，同時又因目前堆肥撒佈機並不普遍，農民以雙手撒佈，其辛苦又有多少人可以體會得出。以稻殼覆蓋代替殺草劑防除雜草茲生，每公頃覆蓋稻殼數量為 4000公斤,沒有任何機械可以協助，完全靠人工來完成。因此如何降低生產成本，且栽培管理能夠全面機械化等問題均有待努力克服，以增加農民有機栽培之誘因。